Després de la retirada dels sarraïns –s. VIII– els emperadors francs ocuparen les valls pirinenques com a zona de frontera. A la zona de l’Alt Empordà es fundaren els monestirs de sant Pere d’Albanyà i sant Martí de Les Escaules (principis del s. IX).
Entre els segles IX-X el monestir de les Escaules dominà els terrenys del curs mitjà de la Muga (des del mas de la Pera Fita de sant Llorenç de la Muga i fins prop de Pont de Molins). Li pertanyien els llocs de Les Escaules, Boadella, Can Vila de Subirats i Terrades entre altres. L’any 844 l’abat Adulf de Les Escaules (comtat de Besalú) aconsegueix un document atorgat per L’emperador Carles el Calb on se li confirmen les propietats del monestir i el reconeixement de colonització agrícola i formació espiritual dels pagesos que habitaven les terres del monestir. Tot i això, la vida d’aquest monestir (que podria haver revitalitzat un antic monestir visigòtic assegut sobre un lloc de culte encara més antic) fou efímera, encara era abadia l’any 922, però l’any 1002 ja consta sols com una església rural depenent de la Seu de Girona.
A finals del s.X Les Escaules i també Boadella passaren a ser propietats del monestir de Sant Pere de Rodes. L’any 1115 el lloc de Boadella estava format per un grup de masies escampades properes al riu La Muga. Depenien de la parròquia de Santa Cecília de Terrades. L’any 1123 el comte de Barcelona Ramon Berenguer III donà en feu al comte Ponç Hug d’Empúries els castells de Boadella, Pont de Molins i Figueres. Aquests castells junt amb el baluard de Les Escaules (documentat l’any 1123) eren petites edificacions que vigilaven la línia fronterera entre els comtats de Besalú i Empúries. El castell de Les Escaules pertanyia al castell de Llers, propietat dels vescomtes Rocabertí de Peralada (l’any 1210 Les Escaules era patrimoni dels vescomtes de Peralada).
El castell-palau de Boadella és, en algunes èpoques, residència dels senyors que tenen el domini directe sobre la majoria de bens del lloc i, a més, compleix funcions defensives junt amb tota la part emmurallada.
Als més de cent Capbreus de pagesos de l’any 1321 que es troben al fons Alós -Moner de la Biblioteca de Catalunya no es parla de castell sinó de la «Força», la part emmurallada, que comprenia el castell i tots els magatzems o cellers que els pagesos tenien dins d’aquesta força per guardar les seves collites i així protegir-les dels atacs i cremes de diferents exèrcits i que a la llarga es convertiren en habitatges del poble. Tot fa suposar que és un poble d’origen castral.
Les Escaules, de moment, no s’ha trobat una formació del poble tan clara, segurament molt més remota. Sabem que al segle XIII hi tenien el domini directe sobre diferents bens: Els Rocabertí de Peralada, la casa del Temple de Castelló d’Empuries, els senyors de Jovinyà, els senyors d’Avinyò, l’abat del monestir de Sant Pere de Roda, l’abadessa del monestir de Cadins, …
L’any 1224 el noble Andreu de Navata prestava homenatge al bisbe de Girona per masos situats a Boadella. L’any 1315 era Ramon de Vilamarí qui prestava homenatge al bisbe pel delme de Boadella.
Aprofundint en l’estudi dels Capbreus de 1321 veiem que en cap moment es fa menció que el castell el tinguin en indivís els Vilamarí i els Rocabertí. Sí que ens detallen els béns que posseeixen cada una de les famílies: Ramon de Vilamarí tenia el domini directe de totes les cases, cellers o patis que hi havia dins la força (uns 35) i de 15 masos. Ramon de Vilamarí i Ponç de Rocabertí tenien a mitges i en proindivís el domini directe sobre altres 12 masos. Així tenim uns 35 habitatges dins la força i 27 masos. En total uns 62 focs a Boadella. Això ens donaria
A més hem de ressaltar que en aquests capbreus s’especifica el nom, i altres detalls, de 10 molins fariners en el lloc de Boadella.
Els Vilamarí esdevingueren barons de Boadella i convertiren el petit castell dels segles XI-XII en un gran casal gòtic durant el s. XV (l’any 1458 Bernat de Vilamarí fa importants obres). De moment no se sap amb certesa on estava la capella del castell dedicada a Santa Maria i que s’anomena vàries vegades al segle catorzè.
Per aquella època sorgí el primer nucli urbà de Boadella al costat de l’església i el castell, encerclat per una muralla. Segons l’últim estudi arqueològic del traçat de les muralles l’església no estava dins d’aquesta força.
El poble de les Escaules tenia 42 cases i posseïa 9 molins. Després de les epidèmies de pesta, al fogatge l’any 1497 a les Escaules hi consten 5 cases habitades i Boadella només 1, una família d’un tal Balaguer. Aquest cognom no figura en cap document dels anys anteriors ni dels posteriors, possiblement era un funcionari dels Vilamarí