Boadella d’Empordà està situat a uns 14 km al NO de Figueres. Pertany a la província de Girona i a la comarca de l’Alt Empordà.
Per la carretera N-II en direcció a França es pot entrar en el poble de Pont de Molins i seguir la carretera comarcal que condueix a les Escaules i després a Boadella, a uns 3 km. També es pot agafar una carretera que condueix des de l’N-II a Biure d’Empordà i a Boadella.
El terme municipal, d’una extensió de 10,73 km2, està format pels pobles de Boadella i les Escaules. Boadella és el cap de terme, situat a la riba dreta de la Muga, i a 89 m d’altitud. Les Escaules es troba a 3,3 km Muga avall i també a la dreta d’aquest riu. El municipi ocupa una petita vall regada per la Muga en el seu curs mitjà, abans d’entrar en contacte amb la plana empordanesa.
Aquesta vall es troba envoltada per muntanyes i pujols que no superen els 300 m d’altitud i que són els últims contraforts pirinencs que limiten la plana empordanesa. Al N destaca la serra dels Tramonts i, a migdia, la dels Eixarts, les carenes de les quals formen la divisòria amb els termes veïns de Biure i Terrades; al SE limita amb el de Llers i Pont de Molins i al NW amb el de Darnius. Els cims més alts del terme són el puig del Penjat (263 m), el puig Cargol (260 m), el puig Gros (191 m) i el puig Molló.
La Muga travessa el terme municipal de NW a SE. Un altre curs fluvial de certa importància és el torrent de la Caula. Aquest torrent, a uns 500 m a llevant del poble de les Escaules, forma un saltant d’aigua de 30 m d’altura. Hi ha altres torrents de curs irregular, com el còrrec del Mas Serra, el del Noguer, el dels Arbres i el còrrec Fondo.