Després de la retirada dels sarraïns –s. VIII– els emperadors francs ocuparen les valls pirinenques com a zona de frontera. A la zona de l’Alt Empordà es fundaren els monestirs de sant Pere d’Albanyà i sant Martí de Les Escaules (principis del s. IX).
Entre els segles IX-X el monestir de les Escaules dominà els terrenys del curs mitjà de la Muga (des del mas de la Pera Fita de sant Llorenç de la Muga i fins prop de Pont de Molins). Li pertanyien els llocs de Les Escaules, Boadella, Can Vila de Subirats i Terrades entre altres. L’any 844 l’abat Adulf de Les Escaules (comtat de Besalú) aconsegueix un document atorgat per L’emperador Carles el Calb on se li confirmen les propietats del monestir i el reconeixement de colonització agrícola i formació espiritual dels pagesos que habitaven les terres del monestir. Tot i això, la vida d’aquest monestir (que podria haver revitalitzat un antic monestir visigòtic assegut sobre un lloc de culte encara més antic) fou efímera, encara era abadia l’any 922, però l’any 1002 ja consta sols com una església rural depenent de la Seu de Girona.
A finals del s.X Les Escaules i també Boadella passaren a ser propietats del monestir de Sant Pere de Rodes. L’any 1115 el lloc de Boadella estava format per un grup de masies escampades properes al riu La Muga. Aquell any depenien de la parròquia de Santa Cecília de Terrades. L’any 1123 el comte de Barcelona Ramon Berenguer III donà en feu al comte Ponç Hug d’Empúries els castells de Boadella, Pont de Molins i Figueres. Aquests castells junt amb el baluard de Les Escaules (documentat l’any 1123) eren petites edificacions que vigilaven la línia fronterera entre els comtats de Besalú i Empúries. El castell de Les Escaules pertanyia al castell de Llers, propietat dels vescomtes Rocabertí de Peralada (l’any 1210 Les Escaules era patrimoni dels vescomtes de Peralada).
L’any 1224 el noble Andreu de Navata prestava homenatge al bisbe de Girona per masos situats a Boadella. L’any 1315 era Ramon de Vilamarí qui prestava homenatge al bisbe pel delme de Boadella. L’any 1321 el castell de Boadella el posseïen per indivís les famílies Rocabertí i Vilamarí. Els Vilamarí esdevingueren barons de Boadella i convertiren el petit castell dels segles XI-XII en un gran casal gòtic durant el s. XV (l’any 1458 Bernat de Vilamarí fa importants obres). L’any 1343, al costat del castell de Boadella s’erigí una capella dedicada a Santa Maria i més tard a santa Cecília de Terrades). Per aquella època sorgí el primer nucli urbà de Boadella al costat de l’església i el castell, encerclat per una muralla.
Durant el s. XIV les Escaules era més important que Boadella. Tenia 42 cases i posseïa 9 molins. El poble estava situat prop del salt de la Caula. L’any 1370 Boadella tenia 16 famílies. Després de les epidèmies de pesta l’any 1497 Les Escaules tenia 5 cases habitades i Boadella només 1.