Durant el s. XV, es produïren enfrontaments entre els pagesos i els senyors que els dominaven. Després de la Sentència Arbitral de Guadalupe (any 1486) els pagesos podien marxar de les terres on havien nascut. A Boadella es conserva per tradició oral que els pagesos abandonaren el poble i sols quedaren fidels al senyor feudal la família Casademont. Com que no trobaren cap lloc on establir-se, tornaren al poble i demanaren perdó al senyor, que els acceptà però fent un nou repartiment de les terres. Les millors i més planeres, properes al riu, serien pels Casademont (casa situada al costat del castell), que es convertiren en administradors del castell, que passà a mans de diferents famílies nobles (Antic d’Almogàver, Albanell, Pedralbes, Llombart, Torrent, Camps, Noell…).
L’any 1634 Les Escaules rep el privilegi de tenir municipi propi i se separa de Llers (concessió signada per Magdalena Rocabertí). L’any 1691, després d’una greu epidèmia de l’any 1640 que deixà les Escaules amb 5 cases habitades, el bisbe uní la parròquia de Sant Martí a la de Santa Cecília de Boadella (que havia aconseguit separar-se de la matriu de Terrades l’any 1610).
El s.XVIII fou una etapa de creixement econòmic i demogràfic, tant per Boadella com per les Escaules. L’expansió dels conreus de la vinya i olivera i l’augment d’habitants feren créixer els dos pobles i li donaren l’estructura que més o menys presenten en l’actualitat. La majoria de cases són del segle XVIII.
L’any 1718 Boadella tenia 93 habitants i les Escaules 67. L’any 1787 Les Escaules tenia 214 habitants i Boadella 247. Aquest augment d´habitants propicià la separació de la parròquia de Les Escaules de la de Boadella (any 1765). La prosperitat econòmica es veié estroncada per les guerres contra França, en què durant uns anys aquests pobles esdevingueren camp de batalla entre els exèrcits espanyol i francès i foren abandonats pels seus veïns.