Les primeres restes arqueològiques que proven activitat humana a Les Escaules tenen una antiguitat d’uns 60.000 anys (Paleolític Inferior i Mitjà). Foren descobertes a les coves naturals properes al salt d’aigua de la Caula a finals dels anys 70 del s. XX per l’Associació Arqueològica de Girona i amb la intervenció de l’eminent arqueòleg Eudald Carbonell. A l’anomenada cova de les Tres Creus s’hi trobaren les restes del desquadrament d’un animal (os de les cavernes), pedres polides, puntes de sílex… Això provà que les coves de les Escaules serviren per refugiar-s’hi petites comunitats de caçadors-recol·lectors que disposaven d’aigua propera, caça, pesca i recol·lecció de fruits silvestres. A l’anomenada cova del Castell (situada sota el castell medieval de les Escaules) s’hi trobaren restes del Paleolític Superior, un enterrament eneolític (dents, fragments d’ossos llargs), i junt amb això puntes de sílex, un gratador, làmines de sílex…
Algunes restes de ceràmica del Neolític mitjà –3.000-2.500 aC– s’han trobat a les coves de la Caula. Altres restes d’ossos de bous, cabres, porcs i cavalls proven que durant el Neolític hi hagué una població sedentària que vivia de l’agricultura i la ramaderia. Les restes prehistòriques trobades a Les Escaules es conserven i s’exposen en el museu Arqueològic de Girona (Sant Pere de Galligans). Pels camps propers a la Caula s’hi venen fragments de ceràmica a torn ibero-romana. Caldria una exploració arqueològica a fons per intentar trobar un possible poblat d’època romana. Segons els estudiosos l’actual pou del glaç de la Caula (s. XVII-XVIII) podria haver estat en el seu origen un pou per guardar aigua d’època romana.
A diferents llocs propers a Les Escaules hi ha deus d’aigua tèbia (15-20 °C.) i d’aquí prové l’origen del topònim “Les Escaules”. Prové del mot llatí “Calidas” que significa brollador d’aigua calenta. Hom suposa que a Les Escaules hi podrien haver existit unes termes romanes encara no localitzades. A Boadella no s’han trobat restes d’època prehistòrica. Tot i això, els estudis realitzats sobre el topònim diuen que pot ser d’origen celta, indicant volta – d’una construcció – o de bovada – ramat de bous -. Altres estudis diuen que pren el nom del riu La Muga (Vora d’ella, Muga d’ella, Bugadella i finalment Boadella). El topònim “Muga”, antigament “Sambucae” prové del nom llatí “sambucus” (arbre del saüc, molt estès encara avui a les vores d’aquest riu).